Бактерия Bacillus subtilis является мощным инструментом биоконтроля, поскольку обладает супрессивными качествами по отношению к широкому набору фитопатогенов, благодаря своей способности продуцировать множество вторичных метаболитов различной химической природы: циклических липопептидов, полипептидов, белков и непептидных соединений.

Так, например, циклический липопептид сурфактин проявляет антимикробную (антибактериальную, антивирусную, антигрибную) активность, вызывая лизис клетки, а структура другого пептидного метаболита – ризоктицина, способствует проникновению в микробную клетку и ингибированию синтеза микробного белка. Среди метаболитов, синтезируемых бактериями, важное значение имеют антибиотики, фосфолипидные антибиотики бацилизоцины и гидролитические ферменты, которые обладают способностью эффективно растворять клеточные стенки фитопатогенных грибов. Продуцируемый B. subtilis субтилин эффективен при подавлении роста фитопатогенных бактерий – возбудителей бактериозов. Так же, в процессе своей жизнедеятельности бациллы активно образуют микробные биопленки, обладающие барьерной функцией по отношению к патогенным микроорганизмам. Bacillus megaterium var phosphaticum является стимулятором роста и развития растений, обладающим, помимо прочего, антифунгальным действием в отношении ряда фитопатогенных микромицетов.

Отличительной особенностью данного микроорганизма является способность к активной продукции широкого спектра органических кислот, которые мобилизуют фосфор труднорастворимых почвенных минералов, таких как апатиты, что повышает доступность этого элемента для корневой системы растения. Bacillus megaterium var phosphaticum также обладает росторегулирующей активностью благодаря выделению индолилуксусной кислоты/